本會以保障漁民權益，提高漁民知識、技能，增加漁民生產收益，改善漁民生活，促進漁業現代化，並謀其發展為宗旨。自民國前二年成立迄今九十年於茲，期間改組遞嬗如下：

• 民前二年成立澎湖水產會。
• 民國十三年改組為高雄州水產會澎湖郡支部。
• 民國十七年改制為澎湖廳水產會。
• 民國三十三年合併為水產會與各鄉鎮之漁會組合為水產業會。
• 民國三十四年台灣光復後將技術指導部門改組為澎湖縣漁會，經濟部門改組為漁業生產合作社。
• 民國三十九年合併為澎湖縣漁會。

圖：澎湖區漁會辦公大樓

圖:馬公第二漁港魚產品直銷中心(菊島之星)